Учреждение «Институт гидробиологии и экологии» имеет лицензию на выполнение работ и оказание услуг в области охраны окружающей среды (№ 0115-Р). Перечень лицензируемых видов работ: природоохранное проектирование, нормирование.
ИГЭ имеет Свидетельство №26/13 об оценке состояний измерений в лаборатории, осуществляющей анализ исследований гидробиологических проб для анализа сообществ гидробионтов и оценки экологического состояния водной среды.
Деятельность Учреждения «Институт гидробиологии и экологии» (ИГЭ) соответствует требованиям СТ РК ИСО «9001-2009» (Сертификат соответствия Системы менеджмента качества KZ 7500133.07.03.00211).
Учреждение «Институт гидробиологии и экологии» (ИГЭ аккредитовано в качестве субъекта научной и (или) научно-технической деятельности и имеет право участия в конкурсе научной и (или) научно-технической деятельности за счет государственного бюджета Республики Казахстан (Свидетельство об аккредитации МК№004281).